Vers la fin des années 1990, les nombreux travaux effectués sur la cathédrale font taire le carillon et endommagent fortement le clavier et la mécanique. Une reconstruction du carillon est donc envisagée après l'achèvement des travaux effectués sur la Tour de Beurre. Le Conservateur régional des Monuments historiques (DRAC, Ministère de la Culture), Emmanuel Pous, a su écouter les arguments du carillonneur titulaire Patrice Latour et de son prédécesseur Jean-François Claire et mener à son terme ce chantier exemplaire, qui nous vaut un des deux plus grands carillons de France, avec celui de Chambéry.

La reconstruction a été menée de main de maître par l'entreprise savoyarde Paccard, fondeurs à Annecy depuis sept générations, qui veillent sur le carillon de Rouen depuis sa création en 1920.

L'instrument a maintenant cinq octaves et demie, utilisant au clavier les cinq cloches de volée et totalisant ainsi 64 cloches (35,5 tonnes de bronze). Son étendue et sa qualité sonore lui permettent de jouer tout le répertoire existant. Il lui est en outre adjoint un clavier d'étude financé par le mécénat du Crédit-Agricole Normandie-Seine, qui permet de répéter et de donner des cours sans faire entendre le carillon à l'extérieur.

Seules six cloches de l'ancien carillon, dont le son n'aurait pu s'accorder avec le nouvel instrument, sont restées dans la Tour de Beurre. Deux d'entre elles sonnent toujours en volée pour l'angelus du matin et les messes ordinaires.

Écoutez la différence de son entre le carillon de 1920, joué par Maurice Lenfant, et le carillon reconstruit de 2016 :